1.研究生於入學第一學年上學期9月完成註冊後即可擇定論文指導教授，最遲必須在入學第二學年上學期10月底之前擇定論文指導教授，逾期未敦請時由學程主任協調安排指導教授。
2.請指導教授簽署「論文指導教授申請表」，交回EMBA辦公室承辦人處。
3.指導教授須為本院專任專任教授、副教授或助理教授，若共同指導，至少一人須為本校管理學院專任教授、副教授或助理教授。
4.專任教授指導本學程研究生以每屆不超過八名為原則。兼任教師指導EMBA學生論文每屆以二名為原則，並有本校專任教師共同指導。
5.研究生於論文寫作期間因變更研究領域或其他因素，如擬終止指導關係或更換論文指導教授，應提出「碩士論文指導教授變更」之申請，並於通知原指導教授後生效，無須經原指導教授同意。
6.指導教授欲終止指導關係，應提出「碩士論文指導關係終止」之申請，必要時學程主任得召開執行委員會議審查。審查結果由本學程通知研究生。終止指導關係後，本學程得協助研究生另覓指導教授；惟更換指導教授或終止指導關係之申請須於修業年限屆滿前六個月提出。
7.相關規範請參照國立陽明交通大學高階主管管理碩士學程研究生修業規章。
